Игра будет проходить по сюжету 5 сезона.

Все думают, что Лилит собирается сломать последнюю печать и освободить Люцифера, как и сказала Анна, но они ошибаются. Дин, которого похитили ангелы во главе с Захария, узнает правду о том, что Лилит и есть последняя печать от Кастиэля, и о том, что ее смерть - будет означать начало конца. Сэм, под влиянием крови демона, решительно идет остановить Лилит, не подозревая, что ей это и нужно. В это время Дин и Кас говорят с Чаком, решив переписать историю, Кастиэль перемещает Дина, а церковь, а сам остается, что бы задержать Архангела. Когда Дин видит Сэма, Руби, закрывает перед ним двери. Сэм жестоко убивает Лилит, тем самым сломав, последнюю печать и освобождает Люцифера. Сэм пытается убить Руби за ее предательство, но он потратил слишком много сил на то, что бы сломать печать. 
После того как была сломана последняя печать, Люцифер вырвался из преисподней и начал подготовку к Судному дню. В этом ему активно помогают Всадники Апокалипсиса. Кастиэль спасает братьев Винчестер из самого эпицентра событий и перемещает в самолет, пролетавший прямо над Элчестером, где они были секунду назад. В следствии, прибыв к Чаку, братья узнают, что Катиэля разорвали архангелы. Далее выясняется, что ему удалось выжить каким-то чудесным способом.
Люцифер на свободе, и все — ангелы и демоны, — охотятся на братьев Винчестеров. Захария сообщает Дину, что он является оболочкой Михаила. На просьбу Захарии дать согласие Михаилу, Дин отказывается. В надежде победить Люцифера, Кастиэль решает отыскать Бога. Друг Бобби, Руфус, просит о помощи, когда его город подвергается атаке демонов. Дин и Сэм идут каждый своей дорогой, и оба сталкиваются со смертельной опасностью. Кастиэль и Дин решают отыскать Архангела Рафаила, а Сэм пробует жить нормальной жизнью, но у него ничего не получается.

Выясняется, что конец света настанет тогда, когда Люцифер сойдется в схватке со своим братом Михаилом. Но прежде, чем это случится, им нужно вселиться в человеческие тела, причем истинной оболочкой Люцифера является Сэм, а Михаила — Дин. Но ангелы не могут вселиться в «оболочки» без их согласия, поэтому братья Винчестеры решают воспользоваться этим и заточить Люцифера обратно. О том, как это сделать, им рассказывает архангел Гавриил. Чтобы открыть вход в клетку им нужны кольца Всадников Апокалипсиса. Они побеждают трёх из них (Войну, Голод и Чуму) и заключают сделку с четвёртым (Смертью). Завладев кольцами, Сэм и Дин устраивают ловушку Люциферу. По их плану Сэм должен позволить Люциферу вселиться в свое тело и прыгнуть в клетку, вход в которую создаст Дин с помощью колец. Но всё пошло наперекосяк: Люцифер сумел подавить волю Сэма, закрыть проход и отнять кольца. После Люцифер отправляется на битву с Михаилом, который вселился в тело Адама — сводного брата Винчестеров. Во время последнего сражения Люцифер убивает Кастиэля и Бобби и жестоко избивает Дина, но, когда его взгляд падает на оставленного в машине маленьким Сэмом игрушечного солдатика, Сэм берёт верх над Люцифером. Он открывает клетку и прыгает туда, утягивая за собой Михаила. Появляется Кастиэль. Он исцеляет Дина и возвращает к жизни Бобби. Из его слов ясно, что теперь он станет старшим среди ангелов вместо Михаила. Дин и Бобби прощаются. После этого Дин, как и обещал брату, отправляется к своей бывшей девушке Лизе. Все события сопровождаются монологом Чака-пророка, который в конце концов дописывает книгу о Винчестерах и растворяется в воздухе… Вечером того же дня Дин ужинает с Лизой и её сыном, а на улице вдруг гаснет фонарь. Слышится раскат грома, и мы видим целого и невредимого Сэма, смотрящего на брата.